數量約15萬件，哺乳動物標本3186件，魚類標本9456件，鳥類標本9407件、兩棲爬行類標本8524件，無脊椎標本44555件，昆蟲標本為27880件，地質標本4807件，古生物6676件，人類民俗標本862件，古尸16件。 在館中收藏的諸多門類中，動物以兩棲爬行類最具特色，兩棲類收藏占全國46.6%，爬行類占全國的56.3% 。植物以高等植物和地衣比較完整，古生物的以山旺化石群標本、上海地區全新世脊椎動物亞化石標本和分別來自山東臨朐的哺乳動物化石標本和遼西鳥類標本最有特色。
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